بقعة این امامزاده در جنوب غربى روستاى مرق، پس از جادّه سدّ ساوه، و در 50 کیلومترى جنوب غرب شهر ساوه واقع شده است.
ساختمان بقعه، از یک ایوان ورودى الحاقى و یک فضاى آرامگاهى مربّع شکل ساخته شده است. نماى بقعه، آجرکارى جدید است. روى اتاق مرقد، گنبد عرقچینى آجرى قرار دارد که قبلاً روى آن کاشیکارى فیروزهاى رنگ داشته ولى به دلیل بروز رطوبت به داخل بنا، در سال 1384 هـ . ش پوشش کاشیکارى آن برداشته شده و سپس سطح گنبد سیمان کارى و بعد از آن قیرگونى و سرانجام ایزوگام شده است.
ازارة حرم داراى سنگ و بالاى آن آئینه کارى و در قسمت زیر گنبد، گچبرى و نقوش شمسه و گل و گلدان است.
در وسط اتاق، مرقدى قرار دارد که 50 سانتىمتر از کف بقعه ارتفاع دارد و با سنگهاى تزیینى پوشش یافته و روى آن سنگ کتیبه دار جدیدى نصب نمودهاند که متن آن از قرار ذیل است: «... ووفدت على الکریم بغیر زاد، من الحسنات و القلب السلیم، قبر ابن الامام الهمام قرّة عین الرسول ، یونس ابن الامام موسى الکاظم ».
درگذشته یک صندوق چوبى که حاوى کتیبههاى قرآنى و متعلّق به دوره قاجار بود، بر روى مرقد نصب بوده اما معلوم نیست به کجا منتقل شده است. در سالیان اخیر، ضریح آلومینیومىِ امامزاده اسماعیل یل آباد به بقعه منتقل و بر دور مرقد نصب شده است. متأسّفانه در سال 1380 هـ . ش، بقعه، توسّط حفّاران غیرمجاز مورد حفّارى قرار گرفت و پس از خاکبردارى از زیر ضریح، طاقِ زیر شبستان تخریب و وارد سرداب زیر بقعه شدهاند و خسارتهاى زیادى به بنا وارد آوردند.
در کتاب بناهاى آرامگاهى ذیل امامزاده یونس مطلبى از ماهنامه آگاهینامه سازمان ملى حفاظت آثار باستانى ایران ذکر مىکند که متن آن از قرار ذیل است:
«اهمیّت این بنا، بیشتر به خاطر وجود صندوق حکاکى شده بسیار زیبایى است که با نقوش هندسى و گل و بوته کندهکارى شده و داراى کتیبهاى به خط ثلث است. در این مکان، سنگ مرمر زیادى دیده مىشود که بر روى یکى از آنها، تاریخ 909 هـ . ق کنده شده است».
در مجاورت بقعه، قناتى قرار دارد که از موقوفات بقعه ذکر شده است. در سالیان اخیر علاوه بر دیوار صحن بقعه، آئینه کارى حرم و مرمّتهاى دیگر در بقعه انجام شده است. درباره شخص مدفون در این بقعه، دیدگاه یکسانى است. اهالى، معتقدند که وى از فرزندان امام موسى کاظم است. طبق تحقیقاتى که برخى از پژوهشگران انجام دادهاند، نسب شریف امامزاده یونس با 21 واسطه به امام هفتم منتهى مىشود که از قرار ذیل است:
یونس بن عمادالدّین مطهّر بن ابراهیم شرف الدّین بن حسین جمال الدّین بن محمّد بن حیدر شمس الدّین بن طاهر ضیاء الدّین بن حسین عماد الدّین بن على بن محمّد الاکبر عماد الدّین بن عبدالعزیز جمال الدّین بن محمّد المجتبى بن عبدالعزیز بن محمّد بن على بن حسین بن ابى على احمد بن ابى عبداللَّه اسحاق بن ابراهیم العسکرى بن موسى ابى سبحة بن ابراهیم المرتضى بن امام موسى کاظم .
وى نواده بزرگوار امامزاده اسحاق مدفون در شهر ساوه است. سیّد یونس در ابتداى قرن نهم هجرى وفات یافته است.
بقعة امامزاده یونس به شمارة 1183 و در تاریخ 14/07/1354 به ثبت آثار ملّى و تاریخى رسیده است.
مهدی یعقوبی
