در قرن نهم و زمان شاهرخ تیمورى، تعمیرات و اضافاتى در این بنا صورت گرفته و در دورة شاهان صفوى ـ شاه طهماسب، شاه عبّاس اوّل و شاه سلطان حسین ـ نیز تعمیرات و تزییناتى بر روى بنا انجام شده است. در این بنا، چهار زوج در منبت کارى از زمان شاهرخ تیمورى و سلاطین صفوى به جاى مانده که تاریخ‏هاى 730 و 950، 1116، 1117 هـ . ق در آن‏ها مشهود است. در عصر قاجاریّه نیز ماشااللَّه خان کاشى، در ضلع شرقى صحن و ایوان، دو گلدستة بلند و دو گلدستة کوچک ایجاد و به بناى قدیم الحاق کرده که پوشش این گلدسته‏ها با کاشى‏هاى نره الوان است.

این بنا داراى سه صحن می‌باشد. صحن جنوبى آن‏که به صحن صفا معروف است، داراى چند حجره و ایوانچه‏هاى کوچک است که متعلّق به دوران سلجوقى و مغول می‌باشد. سقف ایوان جنوبى (ایوان صفا) نقّاشى شده و داراى دو گوشوارة مقرنس کارى است و بر کتیبة گچى سرتاسرى آن‏که مربوط به دورة شاه سلطان حسین صفوى است، سورة دهر و صلوات بر چهارده معصوم نوشته شده است. دو صحن دیگر که به صحن قمى‏ها و سردارى معروف است، مربوط به دوران قاجار است. داخل بقعه و ایوان صفا، همان طور که ذکر شد، کتیبه‏ها و نقّاشى‏هاى بسیار زیبایى از دورة صفوى وجود دارد. سردر ورودى، آیینه کارى است که به واسطة ریختگى قطعه‏اى از وسط آن، کتیبة کاشى معرقى عالى به نام شاه طهماسب از زیر گچبرى ظاهر شده است. گنبد مدور، مربوط به عهد سلجوقى است که پوشش روى آن در دوره‏هاى بعدى با خشت و کاشى زرد طلایى رنگ و با نقش و نگار اسلیمى و گل بوتة الوان تزیین شده است. اما ساقة گنبد با کاشى معرقى بسیار زیبا، در دورة صفوى مقرنس کارى شده است. همچنین در کتیبة زیر مقرنس‏ها، سورة فتح به خط ثلث سفید بر زمینة آبى لاجوردى ثبت شده و پایین آن هم کتیبة دیگرى با کاشى سبز و سرمه‏اى، به خط کوفى با نوشتة «لا اله اللَّه اللَّه محمّد رسول اللَّه و على ولى اللَّه» در 16 ترک پایه تکرار شده است. دو گلدستة مرتفع دو گوشة ایوان بزرگ و مناره‏هاى کوچک طرفین آن، با کاشى‏هاى معرّق عهد قاجاریّه پوشیده شده است. ولى کتیبه‏ها و پشت بغل‏هاى این ایوان ـ با کاشى خشتى عهد صفوى ـ سالم و بى عیب باقى مانده و همچنین لچکى‏هاى طرفین سکوهاى اطراف صحن، با کاشى خشتى هفت رنگ پوشیده شده است. در کتیبة گچى دور سقف، سورة قرآنى به خط ثلث سفید بر متن لاجوردى نگاشته شده است و در پایان آن، عبارت «کتبه محمّد مقیم الموسوى 1118» خوانده مى‏شود.

این بنا تحت شمارة 399 به ثبت آثار تاریخى رسیده است.