بقعة زیبای این امامزاده در سی کیلومتری شرق شهر قم، نزدیک روستای جنّت آباد و در حوالی ویرانه‌های قاسم آباد، کنار راه قدیم قم به کاشان و مقابل مسجد مقدّس جمکران واقع شده است.

بنای بقعة سیّده سکینه خاتون دارای اتاق مرقد و سه ایوان و صحن است. این بنا به نظر می‌رسد، از آثار قبل از صفوی یا دورة آغازین صفویّه باشد که در دورة معاصر نیز الحاقاتی بدان افزوده شده است.